經生態環境部批準，西北督察局目前內設7個機構，分別是：辦公室、黨委辦公室（人事處）、督察一處、督察二處、督察三處、督察四處、督察五處。
辦公室職責
承擔文電、會務、保密、安全、檔案、財務、後勤等工作，承擔督察業務綜合協調工作。
黨委辦公室（人事處）職責
承擔黨務、紀檢、人事等工作。
督察一處職責
負責對陝西省的相關督察工作。
督察二處職責
負責對甘肅省的相關督察工作。
督察三處職責
負責對青海省的相關督察工作。
督察四處職責
負責對寧夏回族自治區的相關督察工作。
督察五處職責
負責對新疆維吾爾自治區和新疆生產建設兵團的相關督察工作。
