負責南水北調等工程項目區和西北諸河生態環境監督管理相關工作。包括:承擔總量控製、入河排汙口設置、排汙許可、環評審查等相關工作,承擔河湖岸線開發、生態流量水量、自然保護地、生態保護紅線等監管工作,承擔水功能區、飲用水、地下水等汙染防治和規劃環評、項目環評及排汙許可事中事後監管等工作,參與河湖長製實施、流域生態保護與修複、生態保護補償工作。